有關生態、族群分化的一些名詞

Question

這是在 paper 中出現的名詞

但我對這方面又不熟，因此才來請教

這篇 paper 偏向於族群的分化，以及其析方法

使用不同樣本基因座的變化，來作為族群分化依據

由於樣本取得地點不同，因此地理因素也對分化有影響


以下的名詞有些雖知道，但不是很清楚、有的則是完全沒看過


1. founder effect (創始效應，大概知道，但不是很清楚)

2. Nested clade analyses (分析的方法，但我不了解)

3. Restricted gene flow (不知道是什麼)

4. Recurrent gent flow (同上，不知是什麼意思)

5. 1-Step Cades (這應該是分類的等吧級?因為還有 2-Step Clade、3.....)

6. Haplotype network (從上面所分化下來的分枝圖，但不知如何解釋)

7. phylogeographic (地理分類?或是地理發生?)

不知是否有這方面的專家能不吝指教
以及還有哪方面應該注意?

最後，這篇 paper 有點久了，篇名是：

Nested clade analyses of phylogeographic data： testing hypothese about gene flow and population history


謝謝觀看

Answer 1

為了有助於你對於 (2)-(6) 瞭解, 所以我就先把 (7) 放在最上頭,

(7) phylogeography: 親緣地理學

http://72.14.235.104/search?q=cache:FwmqY1T6P8wJ:www.gcc.ntu.edu.tw/File/Publication/CenterPub/35-2.pdf+Nested+clade+analyses&hl=zh-TW&gl=tw&ct=clnk&cd=8&lr=lang_zh-CN|lang_zh-TW

這個網頁是成大生物系的植物親緣地理學研究,
裡面有對親緣地理學十分詳盡的說明與介紹,
裡面也同樣用了 Nested clade analyses 來作分析,
只是因為只剩 HTML 版本, 所以有些圖檔無法讀取


(1) founder effect: 奠基者效應
當一個小族群遷移到新的棲地,或是由於環境的改變致使一個族群的規模變小, 可能這些突變的”奠基者”基因, 在數代之後, 呈現不均衡地頻繁表現, 如果這個族群中的個體有通婚的傾向, 就有極大的可能, 此奠基者的隱性基因將共同表現於子代細胞, 發生遺傳疾病的機率將較與異族通婚者高

(圖文解說, 請見此網頁:
http://www.bhp-gc.tw/front/bin/ptdetail.phtml?Part=netclass950901&Rcg=24306 )


(2) Nested clade analyses: 網狀支系分析法 or 巢狀支序分析法
是將近緣的單型 (haplotype) 彼此連接，並進一步形成高階的支系，提供了分子演化及族群親緣研究上新的詮釋工具。藉由這樣的單型連接可以推論物種遷移的路徑、可能的冰河時期避難所以及古老單型的分布地。


(3) Restricted gene flow: 受限基因流
(4) Recurrent gent flow: 週期性基因流

藉由透過 (2) 的分析法, 可推測一個族群隨著各自演化後, 其族群遺傳結構是因週期性 (recurrent) 改變或是由其他因素所造成分隔 (isolation) 受限的 (restricted) 現象


(5) Clades: 進化支 or 分化支

利用軟體檢測地理形式與單型間的關係，可運算出：Dc 值 (clade distance) 與 Dn 值 (nested-clade distance)，其中 Dc 值表示一支系內地理分布的情形，而Dn 值表示一支系與上一階層 (next higherlevel) 地理分布中心的距離 , 在生物的地理分布上，族群間的遺傳分化受到許多演化力量的影響，如族群大小的變動、random genetic drift 效應、天擇和遷移型式等，過去發生的歷史事件決定族群間基因譜系的關係　，　更　在　整　個 genealogy 中　留　下 “ 痕跡”(imprint)，因此藉由對族群間遺傳變異空間分布與地理關係的了解，可以進一步推估族群間過去所經歷的歷史事件。而 Dc、Dn 值提供了我們分辨在族群遭遇到何種歷史事件的資訊

(參考網頁: http://72.14.235.104/search?q=cache:FwmqY1T6P8wJ:www.gcc.ntu.edu.tw/File/Publication/CenterPub/35-2.pdf+Nested+clade+analyses&hl=zh-TW&gl=tw&ct=clnk&cd=8&lr=lang_zh-CN|lang_zh-TW)


(6) Haplotype network: 單型階層網狀圖
每個人具有兩條染色體，一條來自於父親，一條來自於母親，而每一條染色體上之基因組，視為一個單位的遺傳，稱為單型倍體（Haplotype），就分子層次上來說，遺傳變異出現最多的型式，莫過於單一核甘酸多型性 (single nucleotide polymorphisms，也就是簡稱SNP) 型式, haplotype 代表特定區域上的SNP組合，可以把 haplotype 想像成代表不同物體的條碼 (bar codes)，條紋粗細不同的線條就代表著不同的SNP。一般來說，遺傳學家常利用族譜分析來研究這些變異是如何從上一代傳給下一代，而haplotype則用來描述數個能同時遺傳下去的SNP組合, 而將這些 haplotype 之間的關連性, 經過分析, 相接在一起所形成的網狀圖, 就是 haplotype network

(參考網頁: http://www.bioweb.com.tw/feature_content.asp?ISSID=338&feature_neweinpage=11)