NDV 病毒

Question

我目前就讀某大學 目前在為專題煩惱 我要選擇ndv 病毒的某基因做cloning 可是不知道要選擇哪對基因 希望是突變率小的基因 我目前 看到V gene 跟 determinant of host range restriction. 有關 是否有人 可以提供我更多相關資訊

Answer 1

NDV 病毒1 新城疫病毒基因組和編碼蛋白新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）成熟的病毒粒子一般為圓形，直徑為120 nm～300 nm。病毒粒子具有囊膜。囊膜內含有一個長的螺旋狀核衣殼，直徑17 nm～18 nm,核衣殼由單股RNA及與其相連的蛋白質組成。囊膜為1個雙層脂質膜，脂質膜內襯有一層特殊的M蛋白。囊膜外有長約8 nm～12 nm的糖蛋白（F和HN）纖突[1-2]。1.1 病毒基因組新城疫病毒的基因組為一條單股、負鏈、不分節段的RNA。經典毒株的基因組長度均為15 186 nt[3]，是所有副黏病毒科成員中最小的。最近發現了全長為15 192 nt的毒株[4]。NDV的基因組結構為3′-NP-P-M-F-HN-L-5′，分別編碼6種結構蛋白，即核衣殼蛋白（Nucleocapsid protein, NP）、磷蛋白（Phosphoprotein,P）、基質蛋白（Matrix protein, M）、融合蛋白（Fusion protein, F）、血凝素神經氨酸酶（Haemagglutinin neuraminidase, HN）和大蛋白(Large protein,L)。基因組3′端為55 nt長的引導序列（leader  sequence）,5′端為114 nt或56 nt長的尾隨序列（trailer sequence）。引導序列及尾隨序列為病毒基因組重要的調控區，在病毒RNA的複製及轉錄過程中起重要的調節作用[5]。NDV基因組為6的倍數，而且這種6堿基規對NDV的複製非常重要[6-8]。NDV的各種mRNA均在3′端具有poly(A)尾和在5′端有帽子結構。NDV基因組都有相似的起始序列及終止序列，起始序列為ACGGGTAGA(G)A，終止序列為TTA(A)GA67。NP-P基因間隔區有1個或2個核苷酸,P-M和M-F基因間隔區有1個核苷酸，F-HN和HN-L基因間隔區分別為17 個nt和34個nt[9]。1.2 病毒編碼蛋白 (1)核衣殼結構蛋白（NP）。NP基因長1 746 nt或1 747 nt，編碼489個氨基酸。NP是NDV核衣殼的主要組成蛋白質，每個病毒粒子含有1 600個～2 000個NP單體，不具有免疫保護功能。(2)磷蛋白（ P）。P基因ORF長1 451 nt，編碼395個氨基酸。P蛋白是RNA依賴的RNA聚合酶的兩個亞單位之一，也是NP蛋白的分子伴侶，它可以阻止NP蛋白對非病毒RNA及病毒mRNA的“非法”衣殼化。(3)基質蛋白（ M）。M基因長1 241 nt，編碼364個氨基酸。M蛋白不僅對病毒起保護作用，而且通過與細胞膜、病毒糖蛋白的胞質區以及核衣殼的相互作用而參與病毒的裝配過程。M蛋白還有抑制宿主細胞mRNA轉錄和蛋白質合成的作用。(4)融合蛋白（F）。F基因長1 792 nt，編碼553個氨基酸。F蛋白位於病毒的囊膜上，是病毒感染細胞所必須的重要成分。通過它完成病毒囊膜與細胞膜的融合，使病毒穿過細胞膜而進入到細胞內進行複製。介導感染病毒的細胞和相鄰細胞之間的融合，導致多核巨細胞或合胞體的產生。F蛋白是NDV毒力的主要決定因素。(5)血凝素-神經氨酸酶（ HN）。不同的NDV毒株的HN基因長度均為2 002 bp。HN是構成NDV囊膜上較大的纖突樣糖蛋白的主要成分，它兼有血凝素和神經氨酸酶兩種活性。HN的血凝素成分負責識別易感細胞的含唾液酸的受體並吸附上去。神經氨酸酶則有分解和破壞受體的能力，並促進新生的病毒粒子從感染的細胞膜上釋放。HN糖蛋白還有促進膜融合的功能。(6)大分子蛋白(L)。L基因長6 703 nt或6 764 nt，但都編碼2 204個氨基酸。L蛋白是病毒RNA聚合酶的兩個亞單位之一，它與P蛋白形成的複合物具有完整的RNA聚合酶活性。參與RNA轉錄和複製的大部分酶的活性都存在於L上，如病毒RNA多聚酶、mRNA加帽酶、poly(A) 多聚酶和磷酸激酶等[1]。(7) W及V蛋白。P基因在轉錄過程中會在其484位元(AAAAAGG↓G)發生編輯現象而產生兩個額外的蛋白質W及V[10]，它們和P蛋白含有相同的N端，但是具有不同的C端。W蛋白含有182個氨基酸，而V蛋白含有240個氨基酸。W和V是病毒複製的必需成分。最近的研究表明 V蛋白還與病毒的毒力有關。

2006-07-21 00:40:32 補充：
2 NDV遺傳特性的演化
NDV所有生物學表型上的變化都歸根於其遺傳特性的改變，但是究竟是NDV的哪一些遺傳特性的改變導致NDV表現型的改變呢？現在已經從各個基因出發對其展開了研究。最先對F基因進行分析，而後其他基因也成為了分析物件。新城疫病毒的分子演化機制對新城疫控制措施的研究具重要意義。
2．1 F基因的演化
由於F蛋白位於病毒粒子的表面，在生存過程中面臨巨大的選擇壓力，因此相對其他5個基因而言變異率比較高。現今對F基因演化規律的研究主要集中在對F0蛋白裂解位點附近的氨基酸序列

2006-07-21 00:40:52 補充：
和F基因部分片段(47 nt～420 nt位或334 nt～1 682 nt位)進行分析。
F0蛋白裂解位點附近的氨基酸序列基本能反應NDV的毒力，它在強毒株上一般為112R/K-R-Q-K/R-R-F117，而在弱毒株上一般為112G/E-K/R-Q-G/E-

2006-07-21 00:41:34 補充：
病毒的其他基因，同樣經受各種壓力的作用，NDV演化是在基因組的整體水平上進行的，而不是只涉及某一或某幾個基因。
Seal比較從不同地區和不同年代分離的代表不同致病型的NDV毒株的NP、P、M基因編碼區的氨基酸序列並繪製遺傳發生樹，發現均可以將這些毒株分為兩群：第1群包括美國20世紀70年代以前分離的疫苗及毒力株；第2群包括世界各地分離的疫苗及強毒株，Hert33及Australia/AV/32似乎是該群毒株的祖先。NDV的NP、P及M基因存在同步演化現象[18-19]。
因此，NDV遺傳特性的演化不是某一個基因的演化引起的，而是多個基因包括調控區共同演化的結果。

Answer 2

到下面的網址看看吧

▶▶http://qoozoo09260.pixnet.net/blog

Answer 3

目前 我們group 對NH 和 F gene 進行cloning 所以我選擇V gene 主要可以對ndv 感染家禽進一步了解 進而找出最快檢測之方法

2006-07-13 17:43:44 補充：
V基因 好像跟P基因有關西

2006-07-13 21:09:07 補充：
OK 我回實驗室在把我看到的資料跟網址貼上 謝你的幫忙

2006-07-14 14:54:37 補充：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=73476668&itemID=2&view=gbwithparts

2006-07-14 14:56:03 補充：
p gene 的序列

2006-07-15 00:17:58 補充：
yes... 目前決定是這樣

Answer 4

意思是那個基因都可以嗎？基因釣出來要幹嘛？

2006-07-12 23:32:42 補充：
我對這個病毒不瞭解，不過在NCBI上面有發表幾個strain的 complete genome，例如http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=73476668。
所以你可以在這邊找到你所要的基因，既然她是變異度小的基因，那就直接設計primer，然後既然他是DNA病毒，那就直接PCR出來。
不過primer設計的時候，如果你是直接要接在表現載體上，就直接從ATG開始做5端引子，然後3端引子就去掉stop codon做收。

2006-07-12 23:36:08 補充：
不過我怎麼沒有看到裡面有V基因...你的ndv 病毒不是新城病病毒嗎？

2006-07-13 20:32:46 補充：
說是有關係，不過在genome裡面沒有標記就很詭異。我想你也許要說明清楚V基因，或是給我一些序列或reference。或是跟實驗室的學長姐討論清楚一點。

2006-07-14 23:38:25 補充：
所以你現在要clone P gene 嗎？

2006-07-15 00:37:45 補充：
恩，那就像我之前說的那樣，既然你序列都有了就簡單。
primer的設計，如果你沒軟體的話，http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi 這個網頁可以用。
首先就是5端包括ATG的序列大概選20-25 bp，調整Tm 值在55℃左右。如果將來會想要表現這個基因的話，3端就去掉TAA，設計primer的條件同5端，Tm值不要差太多。如果你要整個基因，有時候不幸包含二級結構的話就比較難以避免。
接著就是PCR, cloning啦...步驟應該就不用多說了...