請問~~~~跑電泳~~

Question

請問............現在跑電泳的意義在哪???不是已有PCR了嗎...
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另外...跑電泳...麻煩的地方在哪呢??是價格昂貴跟費時嗎???
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謝謝

Answer 1

基本上, PCR 的一般功能在於放大標的基因(or DNA片斷), 以利後面的實驗步驟進行,例如 ligation/transformation. 當然 PCR 也有其他特殊的作法適用在一些標定性的實驗步驟. 但基本上來說, PCR 和電泳在實驗中所扮演的角色..是不等同, 不能互相取代的..
再說到電泳來說吧..它的基本功能在於判斷鑑定標的物( protein or 核酸類(DNA/RNA)). 利用來區別鑑定的方式原理很多, 例如分子量(上面網友提到的SDS-PAGE), IEF( pI value ), 放射性labling( I^125)...或是常見的 western/northern/southern blotting免疫類標示. 除此之外, 以DNA電泳為例, 還會應用在 isolation(也可以算是純化吧), 還有 sequencing 等等. 舉個例子來說, 今天我用PCR夾一段 DNA fragment
出來準備做 ligation/transformation, PCR產物是不會直接拿來做ligation的, 會跑一片agarose電泳切下我要的片段回收再作lagation/transformation, 因為有時候不一定只夾一個size出來. 從上面例子來看可以發現這兩者並不是可以互相取代, 而是彼此輔助的技術.
至於跑電泳麻煩在哪? 我想是時間吧, 以跑一片mini-gel( Bio-rad 賣的那種 )來說,鑄膠加跑膠加染色, 即使以最簡單的 commassie blue stain來說, 大概得兩個多小時
(這是定壓跑喔, 如果跑 data 片子都用定電流跑會更久), 要是 swestern blotting 那得將近半天吧, 更不要講到sequencing及2D電泳了,那更久. 毛細管電泳(C.E.)是可以節省很多時間啦, 10個 samples 跑完大概20~30分鐘, 不過很貴(機器一台九十幾萬, chip一片快兩千, 1片 chip loading 10 samples, 不能 reused)
即便電泳會花時間(不然就得花錢, 最近我趕公司data, 光chip就跑掉快40片-_-), 但是在標的物鑑定及其它運用上還是有極大的必要性..所以還是很好用的啦, 怕浪費時間就卡時間做實驗, 不過會很累, 有時候還會趕得很慘
有疑問再彼此討論吧, 時間卡到了-_-

2005-09-22 16:58:36 補充：
請小心 acrylamide !!
液態和粉末都會吸入, 也不要接觸到皮膚
它是神經毒, 據說會導致老年癡呆症
反正很毒就對了

Answer 2

180ㄉ男孩所轉貼的是指蛋白質的電泳，一般來說電泳的目的是為了將不同大小的產物使之分開，並經由顯像來確認是否為想要的產物，另外也會根據不同的產物有不同的電泳材料與方法
一. Agarose 電泳
適用產物為DNA或RNA，agarose唯一類似洋菜膠的物質，在高溫下煮成透明狀後加入EtBr，EtBr為一神經毒物，會經由UV照射後機發顯現紫光，由於會插入在DNA的雙股螺旋中，並使DNA解螺旋，因此必須小心使用。由於DNA或RNA本身帶有負電的磷酸根離子，因此在電泳槽中會跑向正極的方向，而片段越大的DNA或RNA則因為分子量大不易移動，所以會跑比較慢而落在膠的上端

二. SDS-PAGE電泳
適用蛋白質，膠體本身成份大部分為聚丙烯烯胺，同樣為有毒物質，另外添加的SDS為一denature reagent，它會打斷蛋白質之間的鍵結，使之由三級結構變成一級結構，並將蛋白質包附一層負電離子，再依據蛋白質本身所帶的負電多寡來決定是否跑向負極，跑完後再用coomasine blue染劑使之承色，這部份180ㄉ男孩的轉貼已經很詳細介紹

Answer 3

ㄟ........基本上來說，跑完PCR的產物....
人的肉眼並不會看到任何東西，
所以要靠「跑電泳」後的影像才能去分析PCR結果，
所以不止PCR，包括RT-PCR、real-time PCR...等等也都是要跑PCR才能去分析結果的~~
現在跑電泳的相關產品應該不算太貴
我是只跟很多其他用品或藥劑來相比的意思~
費時也還好，因為也是要看你設定的分子量大小和電泳膠的濃度，
個人覺得麻煩的是，因為有些產品是屬於有毒物質吧，
做實驗的，和化學相關的，總是要注意一點使用方法和操作步驟唄~~

Answer 4

1.電泳定義
帶電顆粒在電場作用下，向著與其電性相反的電極移動，稱為電泳(electrophoresis, EP)。早在1808年就發現電泳現象，但作為一種分離方法，卻是在1937年。瑞典科學家Tiselius設計了世界上第一台自由電泳儀，建立了”移界電泳法(moving boundary EP)”，成功地將血清蛋白質分成白蛋白(albumin)，α1-,α2-, β-和γ-球蛋白(globulin)五個主要成分，為人們瞭解血清奠定了基礎。由於他的突出貢獻，1948年獲得諾貝爾獎。
由於”移界電泳法”電泳時自由溶液受熱後發生密度變化，產生對流，使區帶擾亂，加之Tiselius電泳儀價格昂貴，不利於推廣，所以到了50年代，許多科學家著手改進電泳儀，尋找合適的電泳支持介質，先後找到濾紙、醋酸纖維生素薄膜、澱粉及瓊脂醣做為支持物。60年代，Davis等科學家利用聚丙烯醯胺凝膠作為電泳支持物，在此基礎上發展了SDS-聚丙烯醯胺凝膠電泳、等電聚焦電泳、雙向電泳和印跡轉移電泳等技術。

2.用途
這些技術具有設備簡單，操作方便，分辨率高等優點。分離後的物質可進行染色，紫外吸收、放射顯影、生物活性測定等，從而取得定量數據。目前，電泳技術已成為生物化學、免疫學、分子生物學以及與其密切相關的醫學、農、林、牧、魚、製藥、某些工業分析中不可或缺的實驗方法。特別是80年代以來，生物工程作為技術革命的標誌之一，許多研究的重要環節都要依賴各種類型的電泳分離技術解決。因此，電泳技術必然會在基礎生物科學的研究中，在國民經濟的發展中以及在醫療保健事業的發展中發揮巨大的作用。
電荷的來源
任何物質由於本身的解離作用，或表面上吸附其他帶電質點，在電場中便會向一定的電極移動。作為帶電顆粒可以是小的離子，也可是生物大分子、蛋白質、核酸、病毒顆粒、胞器等。因蛋白質分子是由胺基酸組成，而胺基酸帶有可解離的胺基(-N+H3)和羧基(-COO-)，是典型的兩性電解質，在一定的pH條件下會解離而帶電。帶電的性質和多少取決於蛋白質分子的性質及溶液的pH值、離子強度。在某一pH條件下，蛋白質分子所帶的正電荷恰巧等於負電荷數，即靜電荷等於零，此時蛋白質質點在電場中不移動，溶液的這一pH值稱為該蛋白質的等電點(pI)。如果溶液的pH值大於pI，則蛋白質分子會解離出氫離而帶負電，此時蛋白質分子在電場中正極移動。如果溶液的pH值小於pI，則蛋白質分子結合一部份氫離子而帶正電，此時蛋白質分子在電場中向負極移動。
電泳的分類
1. 按分離原理分類
可分為區帶電泳、移界電泳、等速電泳和聚焦電泳。
(1) 區帶電泳
電泳過程中，不同的離子成分在均一的緩衝液體中分離成獨立的區帶，這是當前應用最廣泛的電泳技術。
(2) 移界電泳
是Tiselius最早建立的電泳，它是在U型管中進行的，由於分離效果較差，已為其他電泳技術所取代。
(3) 等速電泳
需專用電泳儀，當電泳達到平衡後，各區帶相隨分成清晰的界面，並以等速移動。
(4) 等電聚焦
由於具有不同等電點的兩性電解質載體在電場中，自動形成pH梯度，使被分離物移動至各自等電點的pH處聚集形成很窄的區帶，且分辨率較高。
2. 按有無固體支持物分類
根據電泳是溶液還是在固體支持物中進行，可分為以下兩種：
(1) 自由電泳
可分為：(1)顯微電泳（也稱細胞電泳），是在顯微鏡下觀察細胞或細菌的電泳行為；(2)移界電泳；(3)柱電泳，是在層析柱中進行，可利用密度梯度的差別，使分離的區帶不再混合，如再配合pH梯度則為等電聚焦柱電泳；(4)自由流動幕電泳；(5)等速電泳等。
(2) 支持物電泳
其支持物是多種多樣的，也是目前應用最多的一種方法。其電泳過程可以是連續的或是不連續的可進行常壓電泳、高壓電泳、免疫電泳、等電聚焦電泳及等速電泳。根據支持物的特點又可分為：
* 無阻滯支持物，如濾紙、醋酸纖維薄膜、纖維素粉、澱粉、玻璃粉、聚醯胺粉末、凝膠顆粒等。
* 高密度的凝膠，如澱粉凝膠、聚丙烯醯胺凝膠、瓊脂或瓊脂醣凝膠。
電泳槽的形式也是多種多樣的，有垂直的、水平的、柱狀的、毛細管的。