Cual es la diferencia entre FAT32 Y NTFS?

Answer 1

Al margen del copy-paste anterior, te digo que en la práctica, NTFS desperdicia menos espacio que el FAT32, así como el FAT32 desperdicia menos que el viejo FAT16. Por el tamaño de los clusters. Si no lo entendés, no importa, es así.
Windows XP puede reconocer discos FAT32 y NTFS. Se recomienda el NTFS porque permite añadirle mejores características de seguridad.
Pero Windows 98 no puede reconocer NTFS. Directamente, no vería el disco, como si no existiese.
Para formatear un FAT32 te alcanza con un disquete de inicio de Win98, y el comando FORMAT X: /S (donde X es la letra de la unidad a formatear)
NTFS no puede ser reconocido por ese disquete (es WIn98), y el método corrientes es hacerlo iniciando el sistema con el CD de instalación de XP.
Desde adentro de Windows XP, en una interfaz gráfica, podés formatear una unidad, siempre y cuando no sea la que tiene el sistema operativo en ejecución, por ejemplo, si tenés otro disco u otra partición del mismo rígido. Vas al Panel de Control > Herramientas administrativas > Administración de discos.

Answer 2

Ya en el año 1996, con la aparición de Windows 95, se introdujo el denominado FAT32; dado que utiliza índices de 32 bits, es capaz de direccionar hasta 2 TB (dos billones de bytes).

NTFS (New Technology File System) es un sistema de archivos diseñado específicamente para Windows NT (utilizado luego en Windows 2000, Windows XP y Windows Vista), con el objetivo de crear un sistema de archivos eficiente, robusto y con seguridad incorporada desde su base. También admite compresión nativa de ficheros y encriptación (esto último sólo a partir de Windows 2000). Está basado en el sistema de archivos HPFS de IBM/Microsoft usado en el sistema operativo OS/2, y también tiene ciertas influencias del formato de archivos HFS diseñado por Apple.

==En resumen==
La diferencia es la confiabilidad y la seguridad, estas son ofresidas por NTFS.